Après avoir enseigné le piano et la musique de chambre à la Hochschule für Musik de Würzburg, puis la musicologie au Mozarteum de Salzbourg, il a fondé en 1989 un institut de recherche en herméneutique musicale. En 2002, il a été nommé professeur de musicologie à la Hochschule für Musik und Theater de Munich. Actuellement ce spécialiste des lieder dirige une classe de chant dans cette institution où il occupe aussi depuis 2003 le poste de recteur. Parallèlement, il dirige le département Musique de l'Académie bavaroise des Beaux-Arts, depuis 2002.

Siegfried Mauser donne des concerts dans le monde entier, aussi bien en tant que soliste que musicien de chambre. Il est régulièrement invité dans des festivals de renom comme la Biennale de Munich, le Festival de piano de la Ruhr et les Festspiele de Salzbourg. Il a joué en tant que soliste avec l'Orchestre Symphonique de la radio bavaroise, l'Orchestre de Chambre de Munich, l'Orchestre Symphonique de la Radio de Francfort ou l'Orchestre Symphonique allemand de Berlin. C’est un professeur très recherché lors de master classes internationales de musique de chambre, de piano et de chant lieder.

Siegfried Mauser a réalisé de nombreux enregistrements, dont l’intégrale des œuvres pour piano de Paul Hindemith, Alexander Zemlinsky et Karl Amadeus Hartmann, des œuvres pour piano de Claude Debussy , Wolfgang Rihm et Wilhelm Killmayer, des pièces de musique de chambre de Günter Bialas et Paul Hindemith, ainsi que des lieder, dont ceux de Gustav Mahler, qu’il a enregistrés avec le ténor allemand Siegfried Jerusalem. Il enregistre actuellement l'intégrale des sonates pour piano de Mozart.

Siegfried Mauser a reçu de nombreuses distinctions, dont le Prix bavarois pour la promotion de la culture, la Croix d'honneur autrichienne des sciences et des arts et la croix de l’Ordre du mérite de la République Fédérale d’Allemagne.

Il est à l’origine de nombreuses publications sur les thèmes de l'analyse musicale, de l'esthétique de la musique et de l’histoire de la musique du 19ème et du 20ème siècle. Son ouvrage sur les sonates pour piano de Mozart sortira prochainement aux Éditions C.H. Beck.